Zusätzlich zur Systemprüfung muss bei erstmaliger Systemuntersuchung die Ordnungsmäßigkeit des Verfahrens und deren Praktikabilität durch Pilotprüfungen bei mindestens zwei verschiedenen Programmanwendern (Arbeitgebern) innerhalb von neun Monaten seit Abschluss der Systemprüfung nachgewiesen werden.
Die Pilotprüfung soll den Ist-Zustand der Anwendung auf der Grundlage von Echtdaten darstellen, wenn das Entgeltabrechnungsprogramm dort bereits mindestens drei Abrechnungsmonate zum Einsatz gekommen ist und eine möglichst hohe Zahl von Entgeltabrechnungen mit einem möglichst breiten Spektrum unterschiedlicher Meldearten vorliegt. Für Eigenentwickler und Rechenzentren entfällt die Pilotprüfung.
Die Aussagen zu den Pilotprüfungen gelten grundsätzlich auch für die Zeiterfassungssysteme mit einem Modul zum Abruf und der Annahme von Meldungen der Arbeitsunfähigkeitszeiten (eAU).